El museo cuenta en su interior con una exposición permanente articulada en torno a tres temas principales: el entorno físico de la ría, la evolución del comercio en Bilbao y sus alrededores, y el desarrollo de la construcción naval en la ría de Bilbao.

La zona exterior del museo alberga los antiguos diques del Astillero Euskalduna, donde se encuentran las embarcaciones, la casa de bombas y la grúa Carola.